تَقْتَرِحُ وَرقةُ بَحثية جديدة من جامعة هلسنكي، نُشرت في مجلة Nature Communications، طريقة لتحليل بيانات الجينوم بدقة في الخزعات الأرشيفية للسرطان.  تستخدم هذه الأداة طرق التعلم الآلي لمعالجة الحمض النووي التالف وكشف النقاب عن عمليات الطفرات الحقيقية في عينات الورم. ويُساعد هذا في الكشف عن قيم طبية هائلة في ملايين من عينات السرطان المحفوظة.

يُساعد التشخيص الجزيئي في اختيار علاج السرطان المناسب للمريض وفقًا لحالته. واهتم الباحثون على وجه الخصوص بتوصيف الحمض النووي في عينات السرطان السريرية.

يقول المؤلّف الرئيسي تشينغلي غو من جامعة هلسنكي: “لا يُستخدم هذا المصدر القيّم حاليًا للتشخيص الجزيئي بسبب رداءة نوعية الحمض النووي. لذا يُسبب الفورمالين أضرارًا جسيمة للحمض النووي، مما يضع تحديًا حتميًا لتحليل جينومات السرطان في الأنسجة المحفوظة”.

يُمكن أن يساعد تحليل عمليات الطفرات في جينومات السرطان في الكشف المبكر عن السرطان، وتشخيصه بدقة، والكشف عن سبب مقاومة بعض أنواع السرطان للعلاج.  يمكن للطريقة الجديدة أن تسرع بدرجة كبيرة من تطوير التطبيقات السريرية التي يمكن أن تؤثر مباشرةً على رعاية مرضى السرطان في المستقبل.

تنبأت الطريقة الجديدة بأكثر من 90٪ من تطور عمليات السرطان.

 يعمل المؤلف الرئيسي تشينغلي غوه في ظل تعاون وثيق مع علماء من معهد أبحاث السرطان (ICR)، في لندن وجامعة كوين ماري في لندن، على تطوير أساليب التعلّم الآلي، المُسماة باسم (FFPEsig)، للكشف بالضبط كيف يغير الفورمالين الحمض النووي.

 يشير تشينغلي: “تظهر نتائجنا أن ما يُقارب من نصف عمليات السرطان عادةً ستُفتقَد دون تقليل التشويش. إلا أن، باستخدام (FFPEsig)، أكثر من ٩٠٪ منها كان مُتوقعًا بدقة”.

يتطور السرطان تدريجيًا. ويُساعد توصيف العمليات الطفرية في العينات الطولية على تحديد التنبؤات السريرية وإجراء تشخيص لكل مرحلة من مراحل الورم.

يقول الباحثون: “يُمَكّن اكتشافنا من توصيف البصمات ذات الصلة سريريًا من خزعات الأورام المحفوظة والمخزنة في درجات حرارة الغرفة لعقود. ومع الفهم العميق لكيفية تأثير الفورمالين على جينوم السرطان، تتيح دراستنا فرصة عظيمة لتحويل فحوصات الكشف عن البصمة المطورة  باستخدام العينات المحفوظة الكبيرة الفعالة من حيث التكلفة”.

وأشار الباحثون إلى أن الطريقة الحالية لا تزيل تمامًا الأداة التي ظهرت في عينات (FFPE) التي تظهر تأثيرات الجُرعات، كما يختلف أداء الأداة باختلاف نوع السرطان، لذلك يجب توخي الحذر عند تفسير أي نتائج. وهم مهتمون أيضًا بتطبيق أساليبهم على نطاق أوسع بكثير من العينات المحفوظة في المستقبل.

المصدر:  https://medicalxpress.com

ترجمة: منار مهند

مراجعة وتدقيق: زينب محمد